Компания была создана 1 апреля 1977 года на основе национализированной Nigerian National Oil Corporation и министерства природных ресурсов страны. Компания взяла на себя все операционные функции в нефтегазовом секторе, а также роль представителя государственных интересов в СП с крупнейшими мировыми компаниями. В 1993 году, после открытия ряда глубоководных месторождений Нигера, в практику были введены соглашения о разделе продукции с крупнейшими мировыми компаниями. В результате в настоящее время на долю совместных проектов с Shell, ExxonMobil, ChevronTexaco, ConocoPhillips, Eni и Total приходится свыше 90% добычи нефти и газа в стране.
В 1999 году NNPC выступила одним из учредителей (25%) консорциума по строительству Западно-Африканского газопровода, который, с начала 2007 года поставляет нигерийский газ в Бенин, Того и Гану. С 2000 года инфраструктура компании подвергается нападениям боевиков организации «Движение за освобождение дельты реки Нигер». Захваты сотрудников иностранных компаний и порча инфраструктуры приводят к сокращению экспорта, что вызывает скачки мировых цен на нефть.
Так, в январе 2006 года, группировка «Движение за освобождение дельты реки Нигер» взорвала нефтепровод Royal Dutch Shell, захватила четырех сотрудников компании и пригрозила активизировать атаки. Боевики потребовали выпустить из тюрем своих лидеров. Цены на мировых рынках взлетели до 67 долл. за баррель, достигнув высшего показателя за последние три с половиной месяца. Еще одной проблемой является кража нефти — в 2005 году зафиксировано 2,5 тыс. инцидентов, приведших к потере 4,7 млн. баррелей. После последнего случая, в мае 2006 года в пригороде Лагоса, когда взрыв нефтепровода унес жизни 200 человек, президент Нигерии Олусегун Обасанджо создал специальную комиссию по борьбе с трубопроводным вандализмом.
Компании принадлежат 4 НПЗ в Нигерии, сеть нефтепроводов и 12 АЗС.